Dジェネシス ダンジョンが出来て3年

2015年、アメリカ合衆国で行われたマイクロブラックホールの生成実験を契機に、地球にダンジョンが発生した。 ダンジョンができて3年後、芳村圭吾は、偶発的な事故により探索者ワールドランクリストのトップランカーとなり、「メイキング」のスキルオーブを得てしまった。もともと研究職であった芳村圭吾は退職して、奇抜な行動で世界を振り回しつつ、パートナーの三好梓とともに、ダンジョンの秘密に挑戦していく。