イレギュラーハンターロックマンX

西暦21XX年。人間に近い思考能力を持つロボット「レプリロイド」と人間が共存する世界。電子頭脳に異常をきたし人間に危害を加えるレプリロイド「イレギュラー」を抹殺する目的で設立された警察組織が「イレギュラーハンター」である。B級ハンターエックスはハンターとしての腕は確かなものの、その心優しい性格からイレギュラーを討てずに悩んでいた。だが、上官であるシグマや、同僚であり先輩でもあるゼロと共に、任務をこなすうち次第にハンターとして成長を遂げていく。しかし順風満帆に功績を上げていたエックスだったが、彼の周囲で次第に異変が起こり始める。さる事件を独断で追っていたゼロに対しイレギュラー疑惑が浮上し、さらには任務中に問題を起こして謹慎中であった元特A級ハンターVAVAが独房から脱走し一部のイレギュラーハンターを配下にして人間からの独立を目指し反乱を引き起こした。ゼロの疑いを晴らすため、そしてVAVAに率いられたイレギュラーの凶行を食い止めるため、シグマ隊長の指揮の下、より激しい戦火の中に晒されるエックス。強敵たちとの戦いの末、エックスは「昇進試験」としてゼロを討つことをシグマに告げられる。ゼロと対峙し、エックスはゼロを倒せば特A級に昇進できる旨を述べる。ゼロの苛烈な攻撃をすべて受け止め、無抵抗のまま打ち倒されるエックス。彼は親友を傷つけず、そしてシグマも裏切らない手段としてゼロに倒されるつもりであった。そのことに気づいたゼロは、VAVAを操っている真の黒幕こそシグマであると本心を明かす。直後、シグマ率いるイレギュラーたちが現れエックスとゼロは交戦を開始。これを撃破するがシグマには逃げられてしまう。